Disiplin Kurulu beş asıl ve beş yedek üyeden kurulur ve Genel Kurul tarafından gizli oyla dernek üyeleri arasından seçilir. Asıl ve yedek üyelerden birer tanesi Gümrük Müşavir Yardımcıları arasından seçilir. Disiplin Kuruluna seçilmek için üyelerin 40 yaşını doldurmuş ve en az 5 yıldır Gümrük Müsteşarlığı’nca verilmiş izin belgesi sahibi olmaları gerekir.
​